Il d.lg. 30.7.1999 n.300 attuativo delle deleghe contenute nella l. 12.3.1997 n. 59, art. 11.1) ha trasformato l’operatività del Ministero dell’economia e delle finanze nel campo fiscale-tributario, con l’istituzione di quattro agenzie (Entrate, Dogane, Territorio, Demanio). Le Agenzie fiscali hanno personalità giuridica di diritto pubblico e autonomia regolamentare, amministrativa, patrimoniale, organizzativa, contabile e finanziaria (art.61 d.lg. 1999/300), ma restano sottoposte al potere di indirizzo e vigilanza del Ministro, che riguarda alcuni atti fondamentali, l’emanazione di direttive di indirizzo, l’acquisizione di dati e notizie riguardanti i risultati conseguiti e i fattori gestionali. In particolare il Ministero, entro un termine di 10 giorni, può intervenire sulle deliberazioni del Comitato Direttivo dell’Agenzia relative agli statuti, ai regolamenti ed agli atti di carattere generale che regolanoil funzionamento delle agenzie stesse. Le regioni e gli enti locali possono attribuire alle agenzie fiscali, in tutto o in parte, la gestione delle funzioni ad essi spettanti, regolando con autonome convenzioni le modalità di svolgimento dei compiti e gli obblighi che ne conseguono. Le relazioni tra Ministero e Agenzie sono regolate da convenzioni. Il rapporto di lavoro del personale delle Agenzie è di natura privatistica ed è disciplinato dalla contrattazione collettiva e dalle leggi, in conformità al d.lg. 3.2.1993 n. 29 (con succ. modifiche e integrazioni). La Corte dei Conti esercita il controllo sulla gestione finanziaria delle agenzie, con le modalità previste dalla l. 21.03.1958 n. 259 e riferisce al Parlamento anche avvalendosi delle indicazioni fornite dalle apposite strutture di controllo interno previste dagli statuti delle agenzie fiscali.